El municipio de Santa Cruz La Laguna se encuentra ubicado en el departamento de Sololá y cuenta con una extensión territorial de 12 km2, el cual equivale al 1.13% del territorio departamental, el municipio en su totalidad forma parte de la reserva de usos múltiples de la cuenca del Lago de Atitlán –RUMCLA-, es uno de los diez municipios que se ubica en la ribera del lago.
El municipio se ubica en la región suroccidental del departamento de Sololá. Localizado en la latitud 14° 44´ 34” y en la longitud 91° 12´ 25”. Limita al norte con los municipios de Santa Lucía Utatlán y San José Chacayá; al sur con el Lago Atitlán; al este con el municipio de Sololá; y al oeste con el municipio de San Marcos La Laguna. Se encuentra a una altura de 1,665 metros sobre el nivel del mar.
Por su ubicación geográfica el municipio posee dos climas predominantes, el primero se
caracteriza por una zona de vida de bosque húmedo montano bajo subtropical (bh-MB), por lo que el clima es templado y posee una extensión de 7.2 Km2 del municipio. El segundo clima se caracteriza por una zona de vida Bosque muy húmedo Montano Bajo Subtropical (bmh-MB) por lo que el clima es templado y posee una extensión de 4.06 Km2.
Santa Cruz La Laguna cuenta con dos vías de acceso desde la ciudad capital, siendo estas:
La vía terrestre tiene una distancia de 147 kilómetros desde la ciudad capital, utilizando la
carretera Interamericana CA-1, conectando con la Ruta Nacional Uno, hasta llegar a la cabecera departamental de Sololá, para posteriormente abordar la Ruta Departamental 04 (RDSol-04) que interconecta con el ingreso balastrado hasta la cabecera municipal.
La segunda ruta es transitando por la Ruta Interamericana CA-1, conectando con la Ruta Nacional Uno (RN-1), a la altura del municipio de Patzicía, Chimaltenango, hasta llegar al municipio de Panajachel, Sololá, para luego abordar un medio de transporte acuático (lancha) que interconectara con la parte baja del municipio, cubriendo una distancia de 123 kilómetros.
La distancia de la cabecera municipal a la cabecera departamental de Sololá es de 13.7 kilómetros, 4.7 kilómetros por vía lacustre desde Santa Cruz hacia Panajachel; y 9 kilómetros por la Ruta Nacional Uno (RN-1), hasta llegar a la cabecera departamental de Sololá.
El Municipio de Santa Cruz La Laguna, es uno de los municipios pertenecientes al área protegida de Reserva de Uso Múltiple de la Cuenca del Lago de Atitlán (RUMCLA), según decreto 64-97 del Congreso de la República de Guatemala.
Según el Plan Maestro de la Reserva de Uso Múltiple Cuenca del Lago Atitlán (2007-2011), las zonas identificadas en el municipio son: sub zona altamente poblada, zona de bosque protector, zona de uso múltiple y la zona de recuperación.